Ciao,
in condizioni cosi "limite", la migliore soluzione è affidarsi a strumenti nati per linux, dai un'occhiata a clonezilla ad esempio. In alternativa, crei la virtual machine con un'installazione base, e via scp copi tutte le varie directory dal server fisico alla VM, previo spegnimento di servizi come mysql che tengono aperti i file database.
Ciao,
Luca.